Este convento fue fundado en 1549 por los frailes franciscanos, pero no fue sino hasta algunos años después cuando se inició su construcción, bajo el cuidado de Fray Diego de Landa.
Se erigió sobre las ruinas del antiguo edificio prehispánico conocido como Pap-Hol-Chac.
En 1562 las obras llegaron a su fin y el mismo Fray Diego de Landa trajo una imagen de la Inmaculada Concepción desde Guatemala; así, con el tiempo Izamal se convirtió en el santuario mariano más importante de Yucatán.
El proyecto arquitectónico se debió al arquitecto Fray Juan de Mérida y presentaba las características de los numerosos conventos levantados en el siglo XVI, un gran atrio con cuatro capillas de indios, la iglesia y el convento propiamente con su huerta.
Durante el siglo XVII y al menos en dos etapas se construyeron los corredores que unen las capillas posas para cobijar a los participantes en las procesiones; con ellos se destruyó la nave de materiales de indios, también se añadió en la parte trasera de la nave de la Iglesia el camarín de la virgen y su escalinata.
Hacia el siglo XVIII la fachada de la iglesia fue reformada; las pinturas murales son del siglo XVI y principios del siglo XVII
En el marco de esta hermosa edificación, se realizará la 5a edición de la "Clásica 3 Culturas" el domingo 24 de Mayo 2026 en "El Pueblo Mágico" de Izamal, Yucatán.
